В Java параметры передаются по значению. В случае с объектами в метод передается ссылка на объект, но опять же по значению.
Из официального руководства (Passing Information to a Method or a Constructor):
1. Primitive arguments, such as an int or a double, are passed into methods by value.
2. Reference data type parameters, such as objects, are also passed into methods by value. This means that when the method returns, the passed-in reference still references the same object as before.